По легенде, в 1605 году французский маршал Франсуа д’Эстре передал в картезианский монастырь Гранд Шартрёз, расположенный недалеко от Гренобля, загадочный манускрипт с описанием «эликсира долголетия».

Будучи слишком сложным, долгое время рецепт не использовался, пока не стал предметом для работ монастырского аптекаря Жерома Мобека. В 1737 году монастырь Гранд Шартрёз стал производить эликсир для лечебных целей и продавать его в ограниченных количествах жителям близлежащих Гренобля и Шамбери, где он быстро стал популярным. Этот эликсир продаётся и в наши дни, под названием Elixir Vegetal de la Grande Chartreuse (Растительный эликсир Гранд-Шартрёз).

Начав с эликсира, монахи разработали дижестив с оригинальным вкусом, а в 1764 начались продажи Зелёного Шартрёза, сделанного по оригинальному рецепту и продававшегося под названием ликёр здоровья.

В 1793 году, во время Французской революции, монахи были разогнаны. Производство было приостановлено, но рецепт удалось сохранить в секрете. Затем, преследуемые и гонимые, монахи передавали его друг другу. Последний из них, брат Базиль Нантас, находясь в тюрьме в Бордо и опасаясь распада ордена, доверил рецепт гренобльскому фармацевту Лиотарду. В соответствии с существовавшим тогда императорским рескриптом «о тайных снадобьях», рецепт был передан в министерство внутренних дел Наполеона I, а затем опять вернулся к фармацевту с пометкой «отказано», так как государство сочло производство лечебных средств по этому рецепту нецелесообразным. После смерти Лиотарда рецепт вернулся в монастырь Гранд Шартрёз, который в 1816 году восстановили монахи. И производство продолжилось.

Желтый Шартрёз впервые начал продаваться в 1838 году как более мягкая разновидность ликёра. Желтый Шартрёз стал более популярен, чем Зелёный и приобрёл в народе славу короля среди ликёров. В 1860 году был открыт винокуренный завод неподалёку от монастыря. Тогда же начал выпускаться Белый Шартрёз (крепостью 43 % с 1860 по 1880 и 37 % с 1880 по 1900), производство которого было впоследствии прекращено.

Будучи снова изгнанными из Франции в 1903 году, картезианцы увезли с собой рецепт и открыли новое производство в Таррагоне в Испании, где они обосновались. Новый винокуренный завод был построен в нижней части города, около порта и вокзала. Ликёр выпускался с тем же именем и с такой же этикеткой, но на ней была добавлена надпись «ликёр, изготовленный в Таррагоне Отцами Картезианского Ордена». Этот ликёр получил во Франции прозвище «Таррагона».

Имущество картезианских монахов было конфисковано и французское правительство неоднократно пыталось вновь открыть производство и воспроизвести рецепт, однако все попытки были неудачными и в 1927 году предприятие оказалось на грани банкротства. Тогда местные бизнесмены выкупили его акции по очень низкой цене и отправили в подарок Картезианским монахам в Таррагону, это позволило им вновь использовать название «Шартрёз» во Франции. Тем временем, вернувшиеся картезианцы, с негласного согласия правительства, уже открыли в 1921 году производство в Марселе, где они изготавливали ликёр, который называли «Таррагона».

В 1935 году винокуренный завод был разрушен оползнем. Несмотря на закон об изгнании, применяемый против монахов, французское правительство привлекло военных инженеров, чтобы его восстановить в Вуароне, около погребов и распределительного склада, построенных монахами в 1860 году в 25 километрах от монастыря.

После Второй мировой войны французское правительство отменило закон об изгнании и монахи получили юридический статус французских жителей.

В 1989 году производство в Таррагоне было остановлено и, начиная с этого момента, ликёр эксклюзивно производится в Вуароне.